Ademas de las cosas que ya hemos comentado hay algunas fundamentales que los diferencian bastante. Si tuviera que elegir quizas me quedaria con el basecamp pero como no tengo que hacerlo uso los 2 en funcion de lo que pretenda hacer en cada momento.
- Mapsource es un programa infinitamente mas "ligero" que basecamp; consumira muchos menos recursos del ordenador a todos los niveles y a diferencia de basecamp, en equipos lentos es perfectamente utilizable.
- Mapsource trabaja directamente con ficheros gdb, gpx y quizas alguno mas; su formato nativo son los gdb. Basecamp maneja su propia base de datos (un fichero unico, realmente un fichero gpx un pelin especial) y lo que hace con los gdb, gpx y demasm formatos es importarlos (pero no uno, puedes tener muchos separados en "carpetas"). Una vez realizado este proceso, los cambios se almacenan directamente aunque en cualquier momento podemos exportar toda o parte de la informacion que queramos en cualquiera de esos formatos standard, por ejemplo para pasarselo a alguien o tratarlo con otro programa. Digamos que si con mapsource tienes en un unico fichero tracks, rutas, waypoints, etc con basecamp tendrias abiertos todos esos ficheros que con mapsource tendrias que abrir de uno en uno.
- Basecamp maneja mejor los mapas que llevan includos alturas y con ellos puede generar vistas en 3D; mapsource no entiende eso.
- Si tienes conectado el gps al ordenador, basecamp lo va a utilizar. Me explico, en funcion del tipo de mapa y licencia, basecamp puede utilizar los mapas que tengas instalados en el gps; al principio yo tenia un city nt pero no tenia la version para el ordenador. Con basecamp y el gps lo utilizaba con el ordenador cosa que con el mapsource no podia hacer.
- Ademas de lo anterior hay una cosa que es fundamental, desde basecamp y con el gps conectado (al igual que en el caso anterior) se puede ver y modificar directamente la informacion que tengas en el gps (tracks, rutas, WP, losg, ...). Os aseguro que si se hacen cambios a ultima hora es muchisimo mas comodo hacerlos directamente sobre el gps que andar cambiandolo, conectando el gps y luego enviandolo. Pinchas el gps y lo cambias directamente, igual que lo harias con la informacion que tienes almacenada en el ordenador.
Vale, vale, no digo mas, que me he lanzado y me vais a terminar odiando, si alguien tiene interes en temas de funcionamiento interno yo tengo cuerda para rato, hay cosas de los gpx que las cambio a pelo con el bloc de notas porque es mucho mas rapido y eficaz que cualquiera de esos 2 programas

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Como dice calambres, excepto algunas funciones de los gps modernos (custom-maps, fotos, etc) practicamente todo lo que hagas con uno lo podras hacer con el otro.